Pieniny kuszą swoim pięknem, ponieważ o każdej porze roku wyglądają inaczej. Zimą pokryte białą pierzynką śpią spokojnym snem zachęcając do korzystania z okolicznych wyciągów narciarskich. Wiosną obfitują w przebiśniegi a pienińska buczyna zachwyca swoim pięknem. Lato to czas wzmożonych wycieczek pieszych po szlakach turystycznych. Jesień natomiast pokazuje pełnię barw Pienin a typowe dla tego okresu poranne mgły wywierają ogromne wrażenie na turystach. Oprócz atrakcyjności krajobrazowej, region Pienin cechuje zróżnicowana roślinność. Spowodowane zostało to czynnikami takimi jak: wapienne podłoże; specyfika klimatu; strome stoki uniemożliwiająca silne rozrastanie się lasów; brak pokrycia lodowcem podczas trzeciorzędowych zlodowaceń; bliskość Tatr. Zdecydowało to o przetrwaniu reliktów flory trzeciorzędowej - chryzantema Zawadzkiego, jałowiec sawina, dębik ośmiopłatkowy oraz obecności gatunków i odmian endemicznych - mniszek pieniński, pszonak pieniński, roślin wysokogórskich i kserotermicznych oraz swoistych zespołów naskalnych muraw zwłaszcza na zboczach południowych. Z różnorodnością siedlisk związana jest bogactwo zwierzyny. W Pieninach żyje około połowy znanych w całej Polsce zwierząt, liczbę ich szacuje sie na ~ 14 tysięcy gatunków. Większość stanowią bezkręgowce, gatunki owadów nie występujące nigdzie indziej na terenie Polski. Region Pienin zamieszkuje dziesięć gatunków płazów, w tym: żaby, ropuchy, traszki, kumaki, rzadka salamandra plamista oraz gady: jaszczurki: zwinka żyworodna, padalec zwyczajny, węże: gniewosz plamisty, żmija zygzakowata, zaskroniec. Różnorodność siedlisk i obecność zbiorników wodnych decydują również o dużej liczbie gatunków ptaków drapieżnych, wodnych, leśnych, polnych. Z różnorodnością siedlisk związana jest bogata fauna. Uważa się, że w Pieninach występuje połowa znanych w Polsce gatunków zwierząt(13-15 tys. gatunków). Większość stanowią bezkręgowce, wśród nich gatunki owadów nie występujące nigdzie indziej w Polsce. Na terenie Pienin żyje 10 gatunków płazów, w tym: traszki, żaby, ropuchy, kumaki, salamandra plamista oraz gady: jaszczurki: zwinka i żyworodna, padalec zwyczajny, węże: żmija zygzakowata, gniewosz plamisty, zaskroniec zwyczajny. Różnorodność siedlisk i obecność zbiorników wodnych decydują również o dużej liczbie gatunków ptaków drapieżnych, wodnych, leśnych, polnych, sów itp.
Wśród 61 gatunków ssaków przeważają drobne gryzonie i nietoperze. Duże ssaki, ze względu na niewielki rozmiar pasma oraz zabudowę utrudniającą migrację z innych pasm górskich, występują stosunkowo rzadko. Żyją tutaj dziki, sarny i jelenie, w dolinie Dunajca wydry, natomiast populację rysia ocenia się na kilka sztuk. Żbik prawdopodobniej już nie występuje, natomiast obserwowane ślady wilka i niedźwiedzia pochodzą od zwierząt zachodzących tutaj z innych obszarów, np. Magury Spiskiej. Na obszarze najciekawszej i najcenniejszej pod względem przyrodniczym środkowej część Pienin utworzono dwa Parki Narodowe - Pieniński Park Narodowy po stronie polskiej i Pieninský národný park (PIENAP) po stronie słowackiej. W Małych Pieninach istnieje kilka rezerwatów przyrody. Negatywne skutki na wrażliwy ekosystem Pienin może wywrzeć wybudowana zapora wodna w Niedzicy.